Roedd Castell Harlech yn un arall o’r 7 gastell cafodd ei adeiladu gan Edward y 1af ar ol iddo ladd Llywelyn ein Llyw olaf a gymryd drosodd Cymru. Cafodd y Castell lle pwysig yn llawer o ryfeloedd trwy ei hanes, fel yn 1294 pan cafodd o ei ymosod ar yn gwrthryfel Madog ap Llywelyn, ni oedden nhw’n llwyddiannus yn cymryd y castell. Ond, er fod y castell yn anodd iawn i gymryd oherwydd fod ar ben bryn uchel sydd yn hawdd i amddiffyn, yn 1404 cafodd y castell ei gymryd yn ystod gwrthryfel Owain Glyndwr. Roedd Owain Glyndwr yn byw yn Castell Harlech tan diwedd y gwrthryfel yn 1409 pan gafodd y castell ei chipio yn ol gan y Saesneg, hefyd, yng Nghastell Harlech roedd pencadlys y fyddin. Yn rhyfel ‘the roses’, cafodd y castell ei ddal o 1461 tan 1468 gan y ‘Lancastrians’ ar ol i Frenhines Margaret ddenyg yno. Castell Harlech oedd y atgyfnerthiad olaf yng Ngogledd Cymru oedd gan y ‘Lancastrians’ ond yn 1468 cafodd o ei gymryd gan y ‘Yorkists’.
Roedd hyn wedi chwalu dipyn o’r castell felly doedd o ddim yn ddefnyddiol iawn pan ddaeth y ‘royalists’ yno yn 1642 yn rhyfel cartref Lloegr. Ar ol gwarchae hir o’r castell, cafodd o ei gorchymyn i gael ei chwalu. Yn ffodus, cafodd y gorchymyn ond ei wneud yn raddol, gyda darnau yn cael ei chwalu fel y grisiau oedd yn gwneud hi’n anddefnyddiol mewn rhyfelau, felly cafodd y Castell fyw ymlaen heb cael ei chwalu. Ond, drost amser cafodd llawer o’r garreg o’r castell ei ddefnyddio yn tai y tref Harlech oedd yn tyfu.
Ar ol y rhyfel byd cyntaf, cafodd y castell atgyweiriad mawr. Yn 1969, cafodd Cadw (cwmni sy’n gwarchod adeiladau hanesyddol yng Nghymru fel cestyll) berchennogaeth ar y castell. Yn 1986, cafodd o ei ychwannegu i’r safle treftadaeth y byd: Cestyll Brenin Edward yng Ngwynedd sy’n cynnwys castell Caernarfon, Beaumaris, Harlech a Conwy gan ei fod yn dangos y “finest examples of late 13th century and early 14th century military architecture in Europe”.